マクロスF

西暦2059年。人類はゼントラーディとの壊滅的な戦争を生き延び、マクロス・フロンティアのような移民船団に乗って銀河の中心を目指し旅を続けていた。そのひとつで、高校生でありパイロット訓練生でもある早乙女アルトは、有名歌手シェリル・ノームのコンサートに足を運ぶ。そこで彼はショーの一環としてアクロバット飛行を披露することになっていた。

公演中、バジュラと呼ばれる未知の生体機械生物が船団に突如出現し、混乱を引き起こす。アルトは攻撃のさなかに取り残されていた少女ランカ・リーを救い出す。その戦闘能力に感銘を受けた民間軍事企業S.M.S.は、新型戦闘機のパイロットとしてアルトをスカウトし、新たな異星人の脅威からコロニーを守る任務に就かせる。