ケロ０　出発だよ！全員集合！！

ケロン星では、ケロロ小隊が地球へ出発する準備を進めていた。一方、ケロン星の宇宙ステーションでは、ギロロと、のちにドロロと呼ばれることになるゼロロが、任務開始のためケロロの到着を待っている。すべては計画通りに進むはずだったが、敵対的な異星種族がステーションを襲撃し、混乱が巻き起こる。

ケロン軍の兵士たちは、この予期せぬ攻撃に立ち向かいながら、船を守り、地球征服という目的を果たそうとする。極限状態での戦いは、彼らの忠誠心とチームワークを試すことになる。