イナズマイレブンGO クロノ・ストーン

ホーリーロードの大会を終えた松風天馬は、雷門中学校に戻るが、そこは彼の知る場所ではなかった。サッカー部は消滅し、かつての仲間たちは愛したスポーツで遊んだ記憶すら失っていた。彼が知っていた世界は一変していた。

この不可解な事態の中、未来から送り込まれた秘密プロジェクトのエージェントであり、プロトコル・オメガのキャプテンであるアルファが現れる。その目的はサッカーの抹殺。天馬は次の標的となる。危機的瞬間、フェイ・ルーンという名の謎の少年が助けに駆けつける。

過去を取り戻し、サッカーの未来を救うため、天馬は時を超えた旅に出ることを決意する。