ご注文はうさぎですか？？

ココア・ホトは、想像していたウサギだらけの楽園ではなかったものの、カフェ「ラビットハウス」でのウェイトレス生活にすっかり慣れてきた。そこでは、いつもおしゃべりなウサギのティッピーを連れた愛らしい中学生・千夜（チノ）や、銃器コレクションを手放さない軍人一家のリゼと一緒に働いている。また、近所のカフェで働く千夜（チヤ）やシャロともよく一緒に過ごしている。

ある日、雑誌のレストラン特集にラビットハウスが掲載されなかったことから、ちょっとした調査が始まる。さらに、ココアの姉の登場や、シャロの家にまつわる謎が事態をややこしくしていく。他のカフェとの競争、困った小説家、アルコール入りチョコレートなど、少女たちは新しい一年を冒険と、そして何よりも卒業と別れの予感とともに迎えることになる。