Free!-Eternal Summer-

岩鳶高校水泳部が設立されてから1年が経ったが、新入部員はまだ一人もいない。最終学年を迎えた七瀬遙と橘真琴、そして葉月渚と竜ヶ崎怜は、なんとかして新入生を勧誘しなければならない。部員が集まらなければ、来年には水泳部は廃部になってしまうからだ。

一方で卒業の時期が近づき、上級生たちは自らの進路を決めなければならない。プロの競泳選手になるという夢を叶えるため、鮫柄学園水泳部の新部長として邁進する親友の松岡凛とは対照的に、遙と真琴は自分たちの進むべき道をまだ見いだせずにいた。

そんな中、凛の幼なじみである山崎宗介が鮫柄学園に転入してくる。新たに加わった実力者は、凛と遙の関係に波紋を投げかける。