カードファイト!! ヴァンガード外伝 イフ-if-

伊吹コウジは、高校でのヴァンガードの大会の後、繰り返し悪夢にうなされるようになる。立凪ノメとスイコに連れられて訪れた屋敷で、彼は「サンクチュアリ」と呼ばれる黒い塔が見えることに気づく。その構造物は時間軸を歪め、歴史からカードファイトを消し去り、「if」と呼ばれる並行世界を生み出していた。

現実を修復するため、コウジとスイコはその異世界へ旅立つ。そこで彼らは魔法少女の先導エミとシュカに出会い、彼女たちはヴァンガードのユニットを召喚して、過去を改変する脅威に立ち向かっていた。四人は未来の過ちを正し、歴史をあるべき姿に戻すための旅を始める。