涼宮ハルヒの陰謀

新年を迎えた涼宮ハルヒは、SOS団の元気いっぱいの団長でありながら、いつになく静かだった。時間旅行を伴う冒険や、現実を変えかねない超常的な謎を求めることは、初めてなかった。しかし、宇宙のどこかがおかしいと感じ取ったのは、団で最も平凡な成員であるキョンだった。

この異常を前に、キョンは自ら動き出さなければならなくなる。友人であり密かな憧れの相手であるみくる、そして物静かな長門有希とともに、過去へ旅立つことを余儀なくされる。その使命は、未来を守るために時間のずれを修正すること。いつもは衝動的なハルヒが主人公ではないように見える状況の中で。