神さま学校の落ちこぼれ

現代の日本では、神力を宿す人々は「卑弥呼」と呼ばれ、国家資格を取得することで「神様」となることができる。祖母の死後、故郷の神社は神を失い、存続の危機に直面していた。ごく普通の少女・ナギには、神力を受け継いだ双子の兄・タケルがいるが、彼は部屋から出ない引きこもりだった。

ひょんなことから、ナギは卑弥呼たちが通う教育機関「神様学校」に入学することになる。神社を復活させると決意した彼女は、国家資格を取得して神様になることを目指す。しかし、神様候補生が集うその学校で、力を持たない生徒である彼女は落ちこぼれとして、あらゆる困難を乗り越えながら目標を追い求めていく。