人類を滅亡させてはいけません

26歳の会社員、川北修は仕事帰りに宇宙人のリリンと出会う。彼女の種族は地球侵略を企んでいたが、リリンは地球に取り残され、帰る手段を失ってしまう。

帰れなくなったリリンは、修の家に住むことになり、彼が面倒を見ることに。修は彼女が心優しい子に育つよう育てることで、迫り来る運命を変えられると信じている。

猶予は5年。もし失敗すれば、リリンの種族が人類を滅ぼす。仕事と小さな宇宙人との日常の合間で、修は人類の未来がかかった共同生活をなんとか乗り越えようとする。