ハンドレッド [hʌˈndrəd]

如月ハヤトは、地球を脅かす謎の異星生命体「サベージ」に対抗できる唯一の武器「ハンドレッド」に対して、最高の適合率を持つ少年である。ある襲撃を生き延びた彼は、この技術を習得するため、戦艦内に設けられた名門軍事アカデミー「リトルガーデン」への入学を招待される。

彼の入学は周囲の注目を集める。初日から複数の女生徒の関心を引き、中でも謎めいたルームメイト、エミール・クロスフォードは、ハヤトが思っている以上に彼のことを知っている様子を見せる。さらに、キャンパス最強の生徒で「女王」と呼ばれるクレア・ハーヴェイとの決闘を強いられることになる。

地球外の脅威との最終決戦に備えながら、ハヤトはアカデミー内で激しい人間関係の葛藤を乗り越えていかなければならない。