4月の君、スピカ。

早乙女星（さおとめ せい）は、ここぞという場面で失敗してしまう十五歳の少女。高校進学を諦めかけていたが、自分の学力では手が届かないはずの神学系の学校に入学することになる。しかし、入学当初はなかなか友達ができず、孤独な日々を送っていた。

そんな彼女の学校生活は、人気者で大胆な同級生・宇田川太陽（うだがわ たいよう）と、星に夢中な夢想家・大高美月（おおたか みずき）との出会いをきっかけに一変する。美月に誘われ、太陽とともに天文部へ入部した星。こうして、友情と恋に彩られた、きらめくような学校生活が幕を開ける。