Z/X Code reunion

各務原あづみは、病のために長い間昏睡状態にあった少女である。彼女が生き延びる唯一の手段は、別次元から来た美しく力強いZ/X（ゼクス）、リゲルとの契約を結ぶことだった。その決断により、彼女は藤崎学園へと転入することになる。そこは、人間と異次元の存在たちが不安定な平和のもとに共存する場所だった。

学園で、あづみは自分と他の若者たちが、それぞれのZ/Xパートナーと共に密かに訓練を受けていることを知る。その目的は、彼らの世界に迫りつつある新たな敵対的脅威に立ち向かうためのチームを編成することだった。しかし、訓練が始まったばかりの頃、敵の最初の攻撃の波が学園を直接襲い、彼らの結んだばかりの絆が試されることになる。