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端木夜雨は、静かな村で暮らす青年。かつて灰燼市の精鋭「冥府の狩人」に命を救われた彼は、その英雄たちに憧れ、自らも狩人になることを誓う。夢を叶えるため、夜雨は灰燼市行きのバスに乗り込むが、知らぬ間に混沌の渦へと足を踏み入れていく。

物語の主敵ルシファーは、生体工学エージェント「MIKO・太一」を灰燼市に潜入させ、機密データの奪取を命じる。しかし、冥府の狩人との戦闘で太一は重傷を負い、意識を失って倒れてしまう。夜雨は彼を見つけるが、その正体を知らぬまま狩人の基地へ運び込み、手当てを受けさせる。その際、夜雨は太一の重要な任務用デバイスを無意識のうちに持ち去ってしまう。

夜雨が念願の狩人入団試験に臨む一方で、彼の無垢な行動は連鎖反応を引き起こす。太一は正体を悟られぬよう密かにデバイスを取り戻さねばならず、ルシファーはデバイスの行方を追って無数の手下を放つ。小さな親切心が、灰燼市全体の存亡を脅かす大規模な紛争へと発展していく。