ヴァンドレッド the second stage

地球の巨大な敵艦を撃破したニルヴァーナのクルーは、さらに五隻の戦艦が彼らの故郷であるメジェールとタラークへ向かい、完全な破壊をもたらそうとしていることを知る。この危機に直面し、彼らは故郷に警告するため帰還の旅を急ぐ。

その道中、彼らに加わった謎の少女ミスティが、地球の実際の状況について新たな驚くべき情報を明かす。ヒビキたちは真の戦いがまだこれからであることを悟る。敵の攻撃が激化する中、ヴァンドレッドは最終システムへと進化を遂げ、特にヒビキとディータの関係をはじめとする人間関係が試されることになる。