透明な心臓は、少女が周囲の世界を見つめる中で静かに泣いていた。主人公は日常の繰り返しに囚われ、自分の内側に何かが欠けていると感じている。それは、名前をつけられない感情だった。胸の奥に透けて見える心臓は、彼女の迷いや憧れのすべてを映し出していた。
ある日、彼女は自分の孤独を理解してくれるような謎めいた青年と出会う。すれ違うような短い時間と、交わされる視線の中で、二人は自分たちの感情の意味を探ろうとする。しかし、残された時間は少なく、答えを見つけられなければ、透明な心臓は砕け散ってしまいそうだった。
