天空断罪スケルターヘブン

遠い未来、突如として都市の中心に謎の浮遊物体が出現する。この未知の侵略者に対抗するため、防衛庁は極秘任務部隊「アルタ・ミラ・エージェンシー」を出動させる。

船谷乙矢中尉は、戦闘ロボット「バトルソウル」を操縦する女性だけのパイロットたちの訓練を任される。彼の任務は、その中から一人を特別訓練に選抜し、どんな犠牲を払ってでも脅威を撃退するという絶望的な作戦へと導くことだった。