サブマリン スーパー９９

天才科学者・沖博士は、新型潜水艦の設計者であり、謎の状況下で姿を消した。彼の息子・進は、実験潜水艦「スーパー99」の構造、装備、機能、性能を完璧に把握しており、父の失踪の裏に邪悪な陰謀が隠されていると直感する。

父を見つけ出し、ヘルメット党として知られる秘密組織の正体を暴くことを決意した進は、危険な海底冒険へと乗り出す。友人たちや海兵隊の助けを借りながら、敵の計画を阻止するための戦いで待ち受ける危険を顧みず、海の深みへと潜っていく。