サブマリン707R

世界各国の最先端軍艦によって構成された海洋平和機構（PKN）は、海の平和を守るために発足した。しかし、その設立記念式典の最中、世界征服を企む謎の組織USRの攻撃を受ける。レッド提督が指揮する潜水艦UXはPKNの艦艇を圧倒するが、速水艦長が操縦する旧式の日本潜水艦「707」が間一髪で彼らを救う。

それから1年後、前回の戦闘で失われた初代の後継艦である新型潜水艦「707 II」が、ケンジ、ゴロー、センタといった若き訓練生を含む乗組員とともに出航する。PKNはアメリカの戦艦グレート・ガーディアンを旗艦とする艦隊を編成するが、潜水艦Uの攻撃は凄まじく、艦隊は壊滅的な打撃を受ける。707が救援に駆けつけると、レッド提督は宿敵の存在を悟り、新たな対決へと備える。707は敵の魚雷をかわしながら、刻一刻と危険を増す環境の中で活路を見出さなければならない。