ストラトス・フォー アドヴァンス

コメットブラスターの試験に謎の失敗をした美風たちは、下地島基地に戻り、教官へと昇進する。そこへ、新たに3人のメテオスイーパー候補生がやってくる。同じ頃、宇宙危機管理機構（CEMA）は有人パイロットの信頼性に疑問を抱き始め、迎撃ミッション用の無人機による旧計画を再始動させる。

そんな中、軌道上基地の一つが深刻な故障を起こし、即席の救助ミッションが編成され、全員が試練に直面する。CEMA内部では危機への対応をめぐって意見が割れ、やがて彗星と異星寄生体をめぐる謎が明らかになり始め、人類の進む道を変えかねない脅威が浮上する。