それいけ！アンパンマン ゆうれい船をやっつけろ！！

離れて暮らすメロンパンナとロールパンナの姉妹は、不思議な馬・マリンと出会う。マリンは自分の最大の宝物、自ら海の底から引き揚げた古い沈没船を二人に見せる。姉妹はその発見に心を奪われ、一緒に船を探検しながら時を過ごすようになる。

アンパンマンの永遠のライバルであるばいきんまんは、その様子を陰から見つめ、悪だくみを思いつく。科学者ドクター・ヒヤリの助けを借りて、もっと恐ろしく、罠や仕掛けを備えた自分だけの幽霊船を作り上げる。しかし、彼の本当の狙いは、より心が揺れやすい妹のロールパンナを闇に染め、自分の味方につけてアンパンマンと戦わせ、今度こそ倒すことだった。

一方、アンパンマンと仲間たちは姉妹を守り、ばいきんまんの企みを阻止しなければならない。友情、忠誠、勇気が試される中、パンの世界の運命は、アンパンマンが悪者を止め、ロールパンナが闇に落ちるのを救えるかどうかにかかっている。ファンタジー、アクション、そしてコミカルな瞬間が織り交ざった冒険が繰り広げられる。