SHY 東京奪還編

アマラレイクとの戦いを経て、東京での日常に戻った紅山テルは、日本のヒーロー「シャイ」としての秘密の活動と両立する日々を送っていた。少しずつ自信をつけてきたものの、ヒーローとしての本当の意味については、まだ学ぶべきことが多く残っている。

街を歩いていたテルは、アマラレイクの脅威に関わる何かを求めて忍びの里から逃げ出してきた少女、天王寺愛と出会う。二人の友情が深まる中、日本を揺るがす未曾有の事態が発生する。東京が突然黒い球体に包まれ、完全に消滅してしまったのだ。シャイと他のヒーローたちは、行動を起こさざるを得なくなる。