忍ばない！クリプトニンジャ咲耶

紅華の忍の里で、クリプトの巻物が何者かに盗まれた。それをきっかけに、忍の一族同士の争いが勃発する。サクヤ、ネム、シャオランはこれまで平穏な日々を送ってきたが、巻き起こった混乱に巻き込まれ、故郷を守るために力を合わせることになる。

三人の少女忍者は、巻物を手に入れようと狙う敵対する一族と戦いながら、コミカルな騒動や息をもつかせぬ戦いを繰り広げていく。しかし、すべてが見た目どおりというわけではなく、やがて盗難の裏に、街全体を危険にさらすさらに大きな脅威が隠されていることに気づくのだった。