深海の艦隊 サブマリン707

謎の存在が行く手にある船や潜水艦を次々と襲い、破壊していく。潜水艦707は、その正体不明の物体を探し出す任務を受ける。航海中、一頭の鯨に導かれ、彼らは海底に眠る伝説の文明、ムー帝国の世界へとたどり着く。

やがて彼らは謎の物体と遭遇する。その正体はコマンダー・レッドシルバー。ムーの世界を襲い、そのマグマ資源を奪おうとする存在だった。潜水艦707はムーを救うため、そして世界全体を守るために、レッドシルバーとの戦いに挑まなければならない。