戦姫絶唱シンフォギアGX

『戦姫絶唱シンフォギアG』での戦いの後、立花響、風鳴翼、雪音クリスは風鳴弦十郎の指揮下で活動を続けていた。一方、マリア・カデンツァヴナ・イヴ、暁切歌、月読調は保護観察下に置かれることになる。平和が戻り、彼女たちはそれぞれ日常を取り戻そうとしていた。

しかし、錬金術師キャロル・マールス・ディーンハイムとその配下である「オートスコアラー」の出現により、再び戦いへと巻き込まれていく。異質な魔力を操るキャロルは、世界に破滅をもたらす黙示録を引き起こそうとしており、そのためにはすべてを犠牲にする覚悟を持っていた。

新たなる謎の敵を前に、シンフォギアを纏う六人の少女たちは結束し、自らが最も大切なものを守るため、限界を試される戦いに挑む。