瑠璃の宝石

中学生の谷川瑠璃は、キラキラと輝くものに目がない。ある日、買い物中にクリスタルのネックレスに心を奪われるが、値段が高くて手が出せない。そこで母から、祖父がかつて鉱物を見つけていた山のことを聞き、自分でアクセサリーを作る材料を探しに山へ向かう。

山で瑠璃は、鉱物学を専攻する大学院生の荒砥凪と出会う。凪に案内されて巨大な石英の結晶を目にした瑠璃は、すっかり魅了されてしまう。もっと学びたいと強く願い、凪に鉱物学を教えてほしいと頼み込む。

新たな発見を重ねるうちに、瑠璃は科学の面白さと自然界の美しさに心から惹かれていく。そして鉱物には、値段では測れない大きな意味があることに気づいていくのだった。