おどるポケモンひみつ基地

ピカチュウと仲間たちは、ロケット団の新しく巨大な秘密基地を発見する。ムサシ、コジロウ、ニャースは基地を完成させたばかりで、ボスを感心させるために盛大なガーラを計画していた。その夜の余興のために、彼らは何匹ものゴニョニョを捕まえて奴隷のように扱い、無理やりマラカスを演奏させていた。

基地に到着したピカチュウ、アチャモ、ミズゴロウたちは、ゴニョニョが閉じ込められている檻を見つける。仲間を解放しようと決意した一行は、救出作戦を開始する。しかし、脱出を試みる最中、ヒーローも悪役も、次々と伝染していく集団ダンスに巻き込まれていく。