劇場版アニメ 忍たま乱太郎 忍術学園 全員出動! の段

忍術学園の生徒たちが夏休みから戻ると、小松田の手違いで全員の宿題が混ざってしまっていた。六年生向けの課題を受け取った喜三太は、領主のふんどしを盗もうと大間賀時城に忍び込もうとしたまま行方不明になる。しんべヱと桐丸を中心とした救出隊が派遣されるが、大間賀時が黄昏時城と戦争状態にあるため、任務は困難を極める。

同じ頃、忍術学園には争いに巻き込まれた村から支援の要請が届く。乱太郎をはじめとする生徒と教師たちは村へ向かい、人々を助けながら喜三太の行方を追い、手遅れになる前に学園の秩序を取り戻そうと奔走する。