NieR:Automata Ver1.1a

西暦5012年、地球は異星人とその生み出した機械生命体によって侵略され、人類は絶滅の危機に瀕していた。生き残った者たちは月へと避難し、アンドロイド兵士を用いた反攻作戦を展開する。戦況の膠着を打破するため、新たな精鋭部隊「ヨルハ」が投入された。

戦闘用アンドロイド2Bは地球へ派遣され、解析担当の9Sと合流する。二人は機械生命体との終わりの見えない戦いに身を投じるが、やがて理解を超えた不可解な現象に遭遇し始める。戦いが激化する中で、2Bは自らの存在意義と、人類のために戦うことの意味に疑問を抱くようになる。