長門有希ちゃんの消失

長門有希は、北高文芸部の内気な部長。友人の朝倉涼子や無気力なキョンとともに、穏やかな日常を送っていた。しかし、有希には秘密があった。キョンに恋をしているのだ。だが、その気持ちをうまく伝えられずにいる。

光陽園学院からやってきた風変わりな生徒、涼宮ハルヒの登場で、すべてが変わる。ハルヒは文芸部に押しかけ、自らを執行部長と名乗り、有希とその仲間たちを次々と突拍子もない冒険へと巻き込んでいく。混乱とすれ違いの中、有希はキョンに近づこうと努力するが、嫉妬や周囲の干渉に悩まされることになる。