マルドゥック・スクランブル 燃焼

ルーン・バロットは、自らの命と重傷を負ったウフコックを救うため、シェルの配下である殺し屋ボイルドから必死に逃れようと涙を流す。絶望の淵にある彼女の前に、イースター博士がハンプティ・ダンプティを駆って現れる。それは、社会福祉案件で生命の危機にさらされた者たちを守るために設計された武装車両だった。

一行は、スクランブル09技術が開発され、ボイルドが再生を遂げた場所であるパラダイスへと向かう。その旅路の中で、マルドゥック・シティの過去に隠された暗い秘密が次第に明らかになり、バロットは自らの個人的な正義への願いを試す、不可能な選択を迫られることになる。