マクロス ゼロ

2008年、ゼントラーディが地球に到来する1年前、地球統合軍と反統合同盟の戦争は激しさを増していた。戦闘機パイロットの工藤シンは、敵の新型戦闘機に撃墜され、文明から隔絶された孤島・マヤン島に流れ着く。そこはテクノロジーがほとんど存在せず、人々が自然と調和して暮らす島だった。

傷の回復とともに、シンは島の平穏が破られる瞬間を目の当たりにする。世界規模の紛争がマヤン島の沿岸にまで及んだのだ。戦闘には、地球統合軍が誇る最新鋭の可変戦闘機の試作機・VF-0フェニックスが投入され、戦いはマヤン島に古くから伝わる秘密と、そこに住む人々を危険にさらしていく。