ルパン三世ルパン暗殺指令

銭形警部はルパン事件から外され、武器密売組織「ショット・シェル」の捜査任務に回される。戸惑いながらも、彼はルパンや次元と酒を酌み交わすことになる。懐かしさも手伝ってか、ルパンは永遠の宿敵である銭形が元の部署に戻れるよう、犯罪組織への潜入を決意する。

そのためにルパン一味は、次元、五ェ門、不二子とともにロシアの原子力潜水艦を「借り」、操縦を手伝わせるため科学者カレン・コリンスキーを拉致する。ショット・シェルとの戦いが続く中、新たな脅威が浮上する。ICPOが冷徹で危険な捜査官キース・ヘイデンを送り込み、ルパン一味を一人ずつ始末するよう命じていたのだ。