空戦魔導士候補生の教官

人類が魔甲虫と呼ばれる昆虫型の敵に地上を追われ、空中都市で暮らす世界。人々の希望は、魔法の力で空を駆け、敵と戦う「空戦魔導士」だった。かつて特務小隊S128のエースとして「黒の剣聖」と称えられたカナタ・エイジは、今ではその小隊を裏切った裏切り者として周囲から蔑まれていた。

ある日、カナタは十連敗中の落ちこぼれ小隊E601の教官を任される。隊員はミソラ・ホイットテール、レクティ・アイゼナッハ、リコ・フラメルの三人の少女たち。それぞれが個性的な性格と克服すべき課題を抱えていた。

カナタは自らの過去と向き合いながら、彼女たちを一人前の戦闘部隊へと育て上げるべく、厳しくも型破りな指導を開始する。