火聖旅団ダナサイト999.9

隕石の衝突後、地球は反逆勢力によって支配されていた。両親を失った少年、台場哲郎は、謎の女性メロに発見され、宇宙船の中で目を覚ます。脱出する中で、彼は自分のDNAに刻まれた遺伝的記憶によって戦闘機を操縦できることに気づく。

同じく生き残りで似た能力を持つ結城玲と共に、哲郎は自分たちの力の謎と、もう一人の生き残りの行方を追う。しかし二人は、現体制の支配者であるフォトン女王に捕らえられてしまう。女王は、自分の真の目的は地球を救うことだと主張する。

二つの勢力の間で板挟みとなった二人は、誰を信じるべきか決断を迫られる。そして、彼らの過去は地球の運命と深く結びついていた。