彼女がフラグをおられたら

旗立颯太は、人の頭上に「旗」が見える高校生。その旗は死や恋愛、友情など未来の出来事を示す視覚的なサインだった。船の事故でただ一人生き残った過去から、自分は近づく者に不幸をもたらすと信じ込み、友人を作ることも人との関係を避けて生きてきた。

転校先の学園で、クラスメイトの菜波ナイト・ブレイドフィールドにその能力を見抜かれ、彼女は「何があっても颯太のそばにいる」と宣言する。やがてさらに三人の少女が寮で颯太と同居することになり、自ら課した孤独は揺らぎ始める。

颯太は次々に起こる騒動に巻き込まれながら、自身の力に隠された謎を解き明かしていく。