海底3万マイル

青年イサムは、海洋調査の旅から戻る途中、火山島で謎の海の住人エンジェルと出会う。火の竜に襲われた二人は、観測船シースルー号で辛くも脱出する。エンジェルはイサムを、海底に隠された王国アトラスへと招待する。

そこでイサムは、海と調和して生きる高度な文明を目の当たりにする。しかしやがて、アトラスと海上世界の両方を脅かす危機が迫り、イサムとエンジェルは二つの世界を守るために力を合わせることになる。