イレギュラーハンターＸ

21XX年、Dr.ライトが生み出したロックマンXの設計を基に開発された高度なアンドロイド「レプリロイド」は、社会の一部となっていた。最初のレプリロイドであるXは、暴走し「イレギュラー」と認定されたレプリロイドを排除する特殊部隊「イレギュラーハンター」に所属している。

シグマ将軍の指揮の下、熟練ハンターのゼロと共に任務を遂行するXは、平和を守るために日々戦い続けている。しかし、この見かけ上の安定は、まもなく揺らぎ始める。それは、人間とレプリロイドの未来を決定づける出来事の始まりとなるのだった。