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アライアンス・アカデミーの学生、ミクリ・マヤは、過酷な環境での作業用に設計されたロボット「Iマシン」を操縦するパイロットである。ある定期任務中に海賊との事件に巻き込まれ、採掘企業「エクスカベイト・カンパニー」の船に乗組員として加わることになる。

この会社は、鉱物オリハルトによって自らの意識を恒久的に機械の身体へと移した、向こう見ずな採掘者たちの集団だった。かつての乗組員たちからオリハルトに関する機密情報を盗んだと告発されたマヤは、汚名をそそぐために彼らに同行する。

腕は立つが記憶を失ったイドとともに、一行は彼らの人生を変えることを約束する冒険へと乗り出す。