ハイスクール・フリート

百年前、壊滅的な地殻変動によって日本の大部分が海に沈み、日本は豊かな海洋国家へと生まれ変わった。沿岸都市は栄え、航路は専門の艦船によって守られている。少女たちは、海を守る精鋭「ブルーマーメイド」に憧れを抱く。

幼なじみの岬明乃と知名もえかは、横須賀女子海洋学校で再会し、共にブルーマーメイドを目指す。訓練中、明乃は駆逐艦「晴風」の艦長を任される。順調に思えたが、機関と操舵の相次ぐ故障により艦は漂流し、乗組員は危険にさらされる。

晴風の乗組員たちは、危険な海域を乗り越え、あらゆる困難を突破してブルーマーメイドになるという目標を達成しなければならない。