ガンダムビルドファイターズ GMの逆襲

テレビシリーズの出来事から3年後、イオリ・セイとその仲間たちはヤジマ・スタジアムにエキシビションバトルのために集結する。ニルス・ニールセンが新たに設計した大規模戦闘システムを試してほしいと招待された彼らは、かつてのライバルや仲間たちとの心躍る再会を約束される。

しかし、その祝祭は突如として中断される。何者かがスタジアムのシステムを掌握し、出口を封鎖して全員を内部に閉じ込めてしまったのだ。彼らの前に謎の集団が現れ、未知の意図をもってガンプラバトルを挑んでくる。

セイはエキシビションに向けて改良を重ねたビルドストライクコスモスを準備していたが、肝心な何かが欠けていることに気づき、予期せぬ対決にさらなる困難が重なる。