GODZILLA -決戦機動増殖都市-

絶望的な戦いの末、人類はついにゴジラの一体を打倒する。しかし、地球にはさらに強大な別のゴジラが存在することがすぐに明らかとなる。傷つき、戦力を大きく削がれたハルオ・サカキは、過酷な環境の地球で生き延びてきた先住民族「フツア」の中で目を覚ます。

限界まで消耗した生存者たちは、逃亡か、それともほぼ不可能な戦いに挑むかの選択を迫られる。そんな中、かつてゴジラと戦うために造られた古代兵器メカゴジラの残骸が発見され、希望が再び灯る。しかし、ゴジラは数千年にわたり進化を続け、自らの支配を脅かす存在を殲滅する準備を整えていた。