Ginga Tetsudou 999: Shounen no Tabidachi to Wakare

母の死の復讐を誓う少年、星野鉄郎は、伝説の宇宙列車「銀河鉄道999」に乗り込む。目指すはアンドロメダ星雲。機械の体を手に入れて永遠の命を得、悲劇の元凶である機械伯爵に立ち向かうためだ。

このスペシャルでは、鉄郎が旅の中で経験した重要な瞬間が振り返られる。謎めいたメーテルとの初めての出会いから、彼の行く手を区切る別れまで。星間旅行の停車駅ごとに、犠牲、人間性、そして夢の代償についての新たな真実が明らかになっていく。