銀河鉄道999 ガラスのクレア

星野鉄郎とメーテルは、銀河を走る宇宙列車・銀河鉄道999に乗り、旅を続けていた。ある停車駅で、二人は氷に閉ざされた惑星に暮らす謎めいた少女クレアと出会う。クレアには秘密があった。彼女の体はガラスでできており、その内側には千年に一度だけ花を咲かせるという花が宿っていた。

花が開こうとする時、惑星はその花を狙う者たちの標的となる。彼らは花に宿るとされる力を求め、クレアから無理やり奪おうとしていた。鉄郎は、クレアが最も大切にしているものを守るために戦うべきか、たとえそれが避けられない運命に立ち向かうことになっても、決断を迫られる。