Fate/kaleid linerプリズマ☆イリヤ ツヴァイ！

イリヤスフィール・フォン・アインツベルンと美遊・エーデルフェルトは、クラスカードを封印し、魔法少女としての役目を終えたと思っていた。しかし、その休息は長くは続かない。冬木の地脈は依然として乱れたままであり、時計塔は二人に異常の原因を調査するよう命じる。問題を解決しようとする中で、魔法が失敗し、イリヤは二人に分裂してしまい、自らの謎めいた黒いコピーを生み出してしまう。

新しいイリヤは逃げ出して独自に行動を始めるだけでなく、オリジナルと同じ源から力を引き出し、彼女を徐々に弱体化させていく。地脈の異常が続く中、ヒロインは自らのドッペルゲンガーと対峙し、これまでの冒険の結果と向き合わなければならない。その不気味な自分が何を企んでいるのかも知らぬまま。