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西暦3000年、地球は大量破壊兵器と環境破壊によって廃墟と化していた。その荒廃した世界にただ一人生き残った少女は、アムロの別人格である。彼女は地球を再生させるため、時を超えて世界平和のメッセージを送ろうと試みる。

時を超えたメッセージは、21世紀に届く。現代に生きる一人の少女、同じくアムロの別人格が、その平和への呼びかけを受け取る。世紀を越えてつながった二人は、人類が破滅へ至る過ちを繰り返さないために行動を起こす。