伝説巨神イデオン

ソロ星の遺跡を調査していた人類は、3機の謎のビークルを発見する。それらは実は巨大ロボットだった。突然、植民地は無限のエネルギー源「イデ」を求める異星人バッフ・クランに襲撃される。ユウキ・コスモ、イムホフ・カーシャ、ジョーダン・ベスの3人は、やむなくビークルに乗り込み、合体して巨大ロボット「イデオン」となり、襲撃を撃退する。

植民地を失った生存者たちは、遺跡で見つけた宇宙船ソロシップで脱出するが、バッフ・クランはイデの力を手に入れようと執拗に追跡を続ける。宇宙を逃げ続ける地球人たちは、古代技術が秘める謎を完全には理解できないまま、生き延びるためにイデオンの圧倒的な力を扱う術を学ばなければならない。