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本作は、サイバースペースから現実世界にやってきたアンドロイドの少女コンパイラと、彼女を生み出したプログラマーのタケシの物語である。二人は小さなアパートで同居しながら日常生活に適応しようとするが、その平穏な日々は、二つの世界の境界を越えて現れる他のデジタル生命体の出現によって乱されていく。

物語の緊張は、秘密組織がコンパイラの存在を知り、彼女の能力を利用するために捕獲を企てるところから生まれる。タケシとコンパイラは自らの自由を守るため、サイバースペースから来た敵たちと対峙することになるが、彼らはそれぞれ独自の目的を抱えている。仮想と現実の共存は次第に複雑さを増し、二人を滑稽でありながら危険な状況へと導いていく。