バディ・コンプレックス

渡瀬青葉は普通の高校生だったが、巨大ロボットが突如現れて彼を襲ったことで、その人生は一変する。混乱の中、謎のクラスメイトである弓原ヒナが同様のマシンで彼を救出に現れ、二人が未来から来たことを明かすと、青葉の命を救うために彼を70年後の未来へと送り込む。

青葉が目を覚ますと、そこはヴァリアンサー「ルクシオン」のコックピットで、自由条約同盟とゾギリア共和国の戦闘の真っ只中だった。そこで彼はパイロットのディオ・ウェインバーグと出会い、互いに高い適合性を持つことを知る。二人は「カップリング」を行い、経験と能力を同期させて共に戦うことが可能となる。生き延びた青葉だったが、自由条約同盟の艦船「シグナス」に拘束され、その素性について尋問を受けることになる。

理解できない戦争に巻き込まれ、ただ家に帰ることだけを願う青葉は、パイロットとして新たな現実に適応していかなければならない。一方で二大勢力の戦いは激しさを増し、世界の運命を変えようとしていた。