BAKUMATSUクライシス

動乱の幕末、若者たちは国の行く末を案じ、その魂を熱く燃やしていた。長州の浪人・高杉晋作と相棒の桂小五郎は、時を操る力を持つという幻の秘宝「クロノメーター」を求めて、政府の船に潜入する。その力が悪しき者の手に渡ることを恐れた二人の使命は、それを破壊することだった。

しかし、秘宝を手に入れた直後、それは何者かに盗まれてしまう。二人は謎の盗人を追って、政府の本拠地である京へと向かう。そこで彼らが目にしたのは、政府が倒され、代わりに神・スサノオが君臨するという、変わり果てた現実だった。街並みも人々も、すっかり様変わりしている。

やがて時空の裂け目から現れたクロノメーターは、自らの意思を持ち、制御不能な混沌を解き放ち始める。高杉と桂は、時をリセットし国を救うため、邪悪な力に立ち向かわなければならない。